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柯南曾经偶然遇到过黑衣组织里代号为龙舌兰的一个成员，由此对龙舌兰展开了追踪，结果他在一起爆炸事件中丧生了，后来柯南解决了案件，发现他是被与组织无关的人误杀了，柯南从他那里所掌握的线索只有黑衣组织正在网罗顶尖的程序设计师来为他们制作程序…一天，毛利小五郎收到了一份委托：一位名叫板仓卓的有名的程序设计师失踪了，而根据委托人的描述，柯南推断板仓卓曾和龙舌兰有联系，似乎受雇于组织。柯南和小五郎一行人找到了板仓卓所在的酒店，但是他已经遇害了，柯南在破案过程中找到了一个关键线索，板仓卓写满日记的硬盘…
案件很快就破获了，杀害板仓卓的是他的昔日好友，两人本是很好的朋友，但是由于板仓卓出名了所以渐渐变了心，开始奚落嫌弃以前的好友，这位好友一怒之下杀了他…在回去的路上，小兰和柯南走在漫天飞雪的街道上，小兰有感而发，“人真的会变心么？长久不见的两个人，内心还会保持依旧么？“小兰触景生情，想到了久未谋面的新一…小兰转向柯南，”要是柯南是新一，该有多好…”她噙着泪说道。
话音刚落，在前方的电话亭里，赤井秀一走了出来，小兰再一次偶遇到了这个叫赤井秀一的男人，“你又在哭啊，真的很爱哭呢？” “与你无关！”“你让我也想起来一个女人，一个表面平静，暗地里哭泣，愚蠢的女人”，说罢 ，赤井秀一就消失在漫天飞雪中。柯南问小兰他是谁，小兰告诉柯南，这是他在纽约杀人魔事件中遇到的那个男人，好像是FBI。“FBI?!”柯南联想到之前在公交车劫持事件上遇到的赤井秀一，似乎明白了什么…
晚上，柯南溜出了毛利家，拿着那张硬盘直奔阿笠博士家，和阿笠博士一起破解日记里的内容。柯南发现了板仓卓目前依然和组织有密切联系，组织正在逼迫他制作一款程序，但是板仓卓在日记里写道：为了人类，他实在不能这么做。因为组织想应用此软件让时光倒流，让死者复生…而组织命令板仓交付程序的日期正是今夜，柯南决定替代死去的板仓交付程序，他以板仓卓的名义与黑衣组织的伏特加定好了碰头的地点…
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