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喜欢看柯南的朋友应该都知道，柯南中最大的看点莫过于主线剧情了，这也是促使柯南能够突破千集的重要推动力。随着黑衣组织BOSS的揭晓，主线剧情也越来越受到柯南迷的关注。相比柯南与毛利一家，少年侦探团以及好基友服部平次的各种日常剧情，每隔百集左右，都会上演一部柯南与黑衣组织精彩对决的主线大戏，红方黑方人马大规模出动展开较量，整个情节扣人心弦，高潮迭起，看得大呼过瘾。不过，由于柯南叙述主线故事多采用倒叙，插叙方式，主线相关人物众多且错综复杂，这让有些小伙伴一直不清楚主线剧情的来龙去脉，那么跟着铺子一起来重温一遍柯南的主线故事吧。
柯南主线到至今为止根据主线人物的不断出场以及故事的转折，分为 满月篇，基尔篇，波本篇，朗姆篇。
满月篇
登场人物: 琴酒，伏特加，贝尔摩德，宫野明美，灰原哀(宫野志保)，赤井秀一，朱蒂，詹姆斯等。
(一)
柯南在被琴酒和伏特加灌下变小的毒药后，就一直在试图寻找黑衣组织的线索，他在调查一起亿元劫钞案时，一直追踪着一位嫌疑人小姐姐，不幸的是，柯南最后赶到的时候小姐姐已经奄奄一息了，她正是被琴酒所杀，这次事件让柯南终于发现到了黑衣组织的一丝行踪。
明美之死
(二)
又过了几天，柯南的班上多了一名叫灰原哀的转校生，在回家路上，灰原哀向柯南自述了悲惨经历，她就是组织的药物研究员雪莉，变小的毒药正是她所研发出来的，她厌倦了组织而一心寻死，本想用自制的毒药结束生命，不料却变小了，她拖着变小的躯体找到了工藤家，被阿笠博士收留了。另外，灰原哀交待了她虽然在试药名单上证实了工藤新一的死亡，但是组织一直对工藤新一的死持怀疑态度，她还曾经跟随组织一起偷偷溜入工藤家的宅邸暗中调查，所以她才会清楚地记得工藤家的地址。灰原哀本想交出药物的研发资料，结果发现装有资料的硬盘用在组织之外的电脑上就全部被破坏了，她只能在阿笠博士家以灰原哀的身份继续研究解药……
灰原向柯南表明自己是雪莉
柯南之后从灰原口中得知，之前参与劫钞案的小姐姐正是灰原哀的姐姐宫野明美，她只是组织中的一名基层，本来组织已经答应明美干完这一票，她就可以脱离组织，但到最后还是无情地把她杀掉了。灰原在了解了柯南的推理能力后，怨恨他没能救回姐姐，而柯南也为自己没能挽回明美的生命而感到自责和遗憾……
灰原向柯南痛哭
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