尼莫害怕极了，他突然灵机一动，翻转身体，肚皮朝上漂在水面上，打算装死。这时， 谢尔曼医生走过来拿起塑料袋，他看了看已经“死”了的尼莫，遗憾地摇了摇头。鱼缸里的伙伴们都高兴起来，因为如果医生去水池冲洗尼莫的话， 尼莫就能沿着下水道的排水管逃走了！
可是他们的喜悦很快就变成了恐惧，因为谢尔曼医生带着尼莫走向了垃圾筒！
就在这时， 大嘴哥飞进了房间。看见飞来了不速之客，谢尔曼医生顺手把塑料袋放在尖尖的修牙工具上， 挥手把大嘴哥赶出房间，关上了窗户。
塑料袋被戳了一个洞，开始漏水了。尼莫看到达拉来向自己走过来，他觉得自己死定了。
马林藏在大嘴哥的嘴巴里趴在窗户上看见了这一切，他担心极了。
达拉来跑过来一把抓起装着尼莫的塑料袋， 开始晃来晃去， 眼看尼莫就要死了……塑料袋上的洞越来越大， 里面的水越来越少……
鱼缸里的鱼儿们决心解救尼莫。他们一起用力把吉哥抛出鱼缸，正好落在达拉来的额头上！达拉来吓得尖叫一声，松开了手， 尼莫掉了下来。
吉哥看到尼莫掉在牙医的托盘上，赶忙也从达拉来的额头上跳下来，落在尼莫旁边，他用尾巴使劲把尼莫弹进了水池。尼莫终于从排水管里逃走了！
可是马林没有看到尼莫得救的一幕，他和多莉被大嘴哥送回了大海边。马林以为尼莫已经死了，他伤心地和多莉道了别，就一个人孤独地踏上了回家的路。
多莉也伤心极了， 她已经把马林当成了一家人，再也不愿意一个人孤独地生活了。
此时此刻， 尼莫正顺着排水管的水流急速前进，最后终于游回了海里。他要回去找爸爸！可是他找呀找， 怎么也找不到。就在这时，他遇到了多莉。 多莉带着他一起去找马林。
她领着尼莫来到最后一次看见马林的地方。那里的螃蟹告诉他们，马林已经到附近的渔场去了。
在朋友们的帮助下，尼莫和多莉在渔场里找到了马林。 历经了种种磨难， 父子俩终于团聚了！
几周之后， 马林带尼莫回到了学校。 尼莫和小朋友们一起玩耍的时候，马林就和别的爸爸们在旁边聊天。 多莉、布鲁斯也常常一起来看他们。后来，吉哥他们也成功地从谢尔曼医生的鱼缸里逃了出来。
经历了这次冒险，尼莫每次去上学之前，总要先紧紧地和爸爸拥抱一下。
“我爱你， 爸爸！”
“我也爱你， 宝贝！”
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