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在《三体3》的故事开头，“圣母”程心提出了阶梯计划，把一直暗恋着自己的云天明的大脑送往三体人的舰队。由于设计失误，航线偏离，运载着云天明大脑的飞行器消失在茫茫宇宙中，程心因此进入休眠。那么，“云天明”在三体人那里到底经历了什么呢？
由于小说后面的内容可知，云天明的大脑最终是安全到达了三体第一舰队的，其实这也是必然的，三体人的智子探测器早就在地球了，这么大的阶梯计划肯定是一直在三体人眼皮底下进行的，因此，云天明的大脑在发射后是一直被三体人追踪的，并最终捕获。
捕获大脑后，三体人对此肯定是很兴奋的，因为这是研究地球人思维模式最好的实验品，可以想象“罐中大脑”，将云天明的大脑置于营养液中，通过某种方式让大脑苏醒，在其外部连接多种用于传输刺激信息的设备。最一开始，是进行情绪的极度测试，喜怒哀乐，七情六欲的交替进行肯定会让“云天明”痛苦不堪，当然通过这个大脑，三体人是可以和“云天明”进行对话的，也许进行了长久的实验之后，“云天明”凭借着个人魅力征服了三体人，三体人也因此用他们的科技给他重新塑造了肉身！
拥有了新身体的云天明自然是一个健康完好的人，不管怎么，人活着首先要考虑的问题就是吃饭，当初人类发射大脑时就考虑了这个问题，携带了种子，因此三体人在飞船上给云天明划出一块地，让他自己种地养活自己。（参考小说后面云天明和程心见面，云天明出现在一块麦田中）其实如果不种地，三体人也完全可以依靠科学配出营养液来养活云天明，大概率是云天明自己提出要种地，在类似地球的环境中生活。
这段时间在三体人那里的生活是平静祥和的，三体人也不再对其抱有敌意，相反，思想透明的三体人通过与精明狡诈的地球人——云天明的反复交流发现，其思维是如此有趣，有很多值得学习的地方，也因此逐渐的云天明越来越受到三体人的喜欢，并在其中有了一定的地位，他的活动范围也不仅仅是自己的那一块麦田。他经常会被邀请参观三体人的各种科技，进一步了解了三体人的方方面面，很可能的是他和三体人的领导阶级保持着不错的关系。
但是，云天明从未忘记自己的使命——拯救黑暗森林中的人类文明。我不知道云天明构思了多久，当它把那三篇暗藏玄机的童话故事在三体人世界发表并传达给了程心之后，他也许长输了一口气，背负着多年的使命终于完成了。当初的他只是一个普痛的肺癌晚期患者，却阴差阳错的背负上了拯救人类的使命，身在敌营的他孤身一人，谁能想像在他的大脑苏醒的第一刻，是何等的恐惧，孤独。这三篇童话故事代表了人类思维上的最高结晶，这是三体人永远无法企及的高度。
由于云天明在地球上的经历，在和程心见完面之后，他大概是不再对地球有任何留恋了，他应该是全身心的加入了三体人的组织阶层，因为地球的坐标被公布，三体第一舰队改变了航线，向更远处驶去。我们完全可以相信，凭借着地球人独有的政治思想和云天明的个人魅力，云天明最后是处于很高的职位，他帮助三体第一舰队“攻城拔寨”，在新的星系里拓展了很多领土。
最后就是云天明和程心的会面了，虽然最后及其的遗憾没有见到，但云天明和艾AA应该是度过了幸福的一生，在那颗星球上，云天明为了能等到程心，叫来三体人帮忙建造了一个小宇宙，一万年又真的太久太久了，无奈之下，可以依靠科技延长寿命的云天明选择慢慢老去，和艾AA共度了余生。
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