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在镰仓时代兴起的佛教革新运动中，禅宗作为使世俗化的日本佛教苏生的宗派而得以接受。具有非常中国式和高度知性色彩的禅宗，在日本虽然难以被理解，但是寻求前往中国修行的僧侣却络绎不绝。在镰仓时代末期，清抽正澄、明极楚俊等高僧、明僧亦相继前往大陆，从而使镰仓时代成为日本吸收外来文化的历史上一个罕见的时代。
镰仓时代末期，吸收外来文化的中心是镰仓，在内乱时期，由于镰仓幕府的灭亡，开始具有强大力量的禅宗失去了最强有力的保护者。在禅宗输入遭受挫折时，梦窗漱石展开了新的活动，开拓了临济宗兴隆之道。梦窗漱石初学密宗，后转禅宗，曾拜无隐圆范等多名禅僧为师，继承了高峰显日之法，曾获后醍醐天皇等7代天皇赐予的国师称号，并深受足利尊氏、足利直义的信赖。
所以如此，盖因其虽为禅僧，但说教颇具有密教的浓厚色彩，堪称日本化的禅宗说教。他曾向足利尊氏和足利直义进言，为了拯救陷于战乱的人们的灵魂，在每个国设立安国寺，后又建议营造了利生塔。在后醍醐天皇驾崩后，为了祈祷天皇冥福，劝说足利尊氏建造天龙寺。如是，梦窗漱石通过与当政者的接近，为禅宗莫定了稳固的基础，其门下聚集了为数众多的转宗者、改宗者，形成了诸宗融合的禅风。梦窗漱石的门派占了在室町时代发展起来的五山派之大半，并决定了以后日本禅宗的发展方向。
另一方面，亦有不少禅僧对禅宗的日本化进行批判，主张维护禅宗的中国血脉。宗峰妙超就是这方面的代表人物。中岩圆月更是因此屡遭迫害。室町幕府最初沿袭了镰仓幕府对佛教的方针，推行了以禅宗为中心、抑制诸宗寺院的政策，在各国建立了安国寺，并通过以梦窗漱石为中心的五山派统制全国的禅宗。五山制度是镰仓末期仿效中国宋代建立的官寺制度，但其当时的具体情况，迄今未明之处颇多。
在建武新政时期，后醍醐天皇认可了新兴禅宗的重要作用，继承了镰仓时代的制度，确定了以京都为中心的五山。在中国，“五”这一数字是作为制度而规定的，而日本并不遵守这一规定。日本的五山”仅仅表明寺的地位。至德三年（1386年），各寺的顺序得以确定。五山之上有南禅寺，之后依次为：第一，天龙寺、建长寺；第二，相国寺、圆觉寺；第三，建仁寺、寿福寺；第四，东福寺、净智寺；第五，万寿寺、净妙寺。
五山之后还有“十刹”制及诸山制，形成以中国官寺为蓝本的五山、十刹、诸山制，并同样是地位的显示。在中国，官寺的住持不偏于一派，而是规定由各派选出，而日本各寺院的住持则由特定的门派的僧侣担任。以五山为代表的官寺住持均有幕府任免。
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