为了进一步稳定政权，赵普支持宋太祖对后周旧臣采取诱之以官爵的措施，使他们改奉宋朝，于是京城迅速安定。但即便如此，领兵在外的一些地方大员仍然倚仗手中重兵，据有数州权势，不甘心降宋，采取与宋对抗的行为。建隆元年（960）三月，盘踞在晋南的昭义节度使李筠，联合北汉，率先起兵反宋。宋太祖决定亲率大军出征。赵普认为这次出征事关重大，对稳定局势、巩固宋朝初建政权具有重要政治意义，他对太祖说:“陛下初登宝位，广耀神武，挫英雄之气，服天下之心，在此举矣！”并请求随太祖亲征。太祖笑道:“你能胜任打仗的事么？”当军到达莱阳时，赵普向太祖建议乘敌不备，迅速出击。宋太祖采纳了赵普的意见，加快进军速度，一举攻克泽州城。
李筠投火自焚而死，其子李守节投降宋朝。平定李筠后，赵普因功被任命为兵部侍郎、枢密副使，赐第宅一所。八月，扬州的后周淮南节度使李重进又起兵反宋，宋太祖作了周密的军事部署后，于十月亲率大军出征。出征前，宋太祖问赵普征讨扬州之策，赵普认为，重进虽然据有地形和防御工事方面的优势，但“士卒离心”、“外绝救援，内乏资粮，急攻亦取，兵法尚速，不如速取之”。太祖对赵普的意见点头称是，发兵东下，进军神速，不久即包围了扬州，于十一月攻下扬州李重进走投无路，全家投火自焚而亡。后周这两股反宋势力被赵匡胤很快镇压下去，这为赵宋王朝稳定的国内局势奠定了基础，从而在军事上又为进一步开展统一战争创造了有利条件。
宋朝初建时，所继承的后周疆域不过拥有黄河中下游地区，在它周围还盘踞着许多大大小小的割踞政权。在北方，有势力雄厚的辽国，有盘踞太原的北汉；在南方，有南唐、吴越、后蜀、荆南、湖南、漳州等封建割据势力。宋太祖有统一天下的雄心大志，但究竟应当从何入手，他日夜筹思，耗尽心血。在个大雪纷飞的夜里，宋太祖带着弟弟赵光义微出访赵普，赵普见太祖冒着大风雪到自己家来，急忙添炭、烧肉，置酒款待。
赵普问:“这么寒冷的深夜，陛下为什么出来了？”宋太祖直截了当地说:“我睡不着一榻之外，都是他人的地方，因此来见你，”赵普说:“陛下认为天下小吧？南征北讨，应该是统一的时候了，愿意听您的计划，”宋太祖探地说:“我打算收太原，”太原是北汉都城，太祖的意思是采取“先北后南”的策略，从北伐开始。赵普表示了相反的看法，他认为:“太原当西北二面，太原攻下，西北二面便由我们独立去抵挡，不如暂且等到诸国平定，太原弹丸之地，怎能逃出我们的手掌呢？”就是赵普提出的“先南后北”的战略，太祖笑说:“我的意思也是这样，特意来试试你的，”赵普的话更使宋太祖下定了决心。
为统一天下旷日难决的战略方针就这样被君臣二人定了下来。经过一番军事上的周密准备，宋太祖于建隆三年（962）开始“先南后北”的统一战争，在赵普的精心布置下赵宋首先进攻南方中实力最弱的荆南和湖南，结果取得完全的胜利，这两个割据政权完全被消灭，使宋军占据极为有利的地位，争取到更大的主动权。继而又挥师指向后蜀，作为下一步进攻目标，德二年（964）宋军向后蜀发起进攻只用两个月时间就占据了成都，后蜀灭亡。不久，又于开宝三年（970），挥师征讨南汉，第二年正月，宋军直逼广州，南汉虽困兽犹斗，但在宋军强大攻势下伤亡无数，广州遂迅速被占领。及后宋又平定了岭南，南汉灭亡。
开宝七年（974），宋太祖派十万大军进攻南方最强大的割据势力南唐，南唐对宋军的进攻缺乏准备，因而宋军的推进也比较顺利。过长江天险后迅速包围南唐都城金陵（今南京），经一年左右，金陵被宋军所破，南唐也灭亡。在宋军一连串军事胜利的威逼下，南方剩下的吴越、漳州割据势力，也慑于宋军强大威力，先后降宋。至此，宋朝已经完全统一了南。开宝九年（976）二月，群臣为庆贺平定南方的巨大胜利，一起上表要给宋太祖加尊号“一统太平”。太祖说:“燕、晋未复；遽可谓一统太平乎。”坚决不同意。
是年秋天，宋太祖下令征讨北汉。正当宋军已经逼近太原城，胜利指日可待之际宋太祖却于同年十月不幸猝然去世征伐北汉的军事行动暂行停止。宋太祖在世未能实现北伐计划，但宋太宗即位后，继续实行宋太祖的大政方针，决心完成统一北方的事业。太平兴国四年（979）春，兵分四路向北汉都城太原发起包围，并且一举成功地击败了契丹对北汉的援军。四月，宋太宗赴太原督战，北汉坚持到五月，终于力竭城破而投降。攻取北汉的成功，再一次显示了赵普制定的“先南后北”战略方针的正确。赵普并非一味主张对外军事征伐，宋太宗灭掉北汉后，决定乘胜收复后晋石敬瑭割给辽国的燕云十六州。
宋太宗在太平兴国四年（979）、雍熙三年（986，先后两次出兵希望收复燕云十六州，但均被辽军击退，尤其是第二次战役，宋军死伤惨重，全线崩溃。当时赵普对出兵燕云就持反对态度，在雍熙三上疏太宗时提出:首先，不能低估辽的实力，出兵燕云失败，就是明证；其次，太祖平息了割据势力并剥夺了最高将领的兵权但自唐末五代以来藩镇割据，自立为政，酿成内患的情形足资借鉴，这是长期用兵可虑的问题。赵普认为，北征燕云是“兴不急之兵，颇涉无名之议”，是在朝奸邪小人欺君的结果，要求追查兴兵主谋，对首恶者“早正刑章”。
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